En la naturaleza existen muchas variedades de hongos o mohos, que pueden afectar a nuestras plantas. El método de propagación de todos los hongos que existen en la naturaleza son las esporas. Éstos actúan como semillas del hongo y se activan cuando encuentran las condiciones adecuadas. Los hongos pueden atacar todas las partes de la planta, desde las raíces hasta las hojas. Estos parásitos atacarán a su anfitrión rápidamente y conducirán a su muerte. Si alguna de nuestras plantas está atacada, es bueno sacarla del jardín, para evitar que las esporas se propaguen a otras plantas. Los hongos de las raíces, como el pitio, atacan las raíces sumergidas en agua estancada sin oxígeno, mientras que los hongos que atacan en la superficie, como el mildiu, encuentran su hábitat natural en condiciones de alta humedad y poca ventilación. El aceite de neem puede ayudar contra los hongos superficiales como el mildiú velloso y el mildiú polvoriento. Otra práctica importante ,cuando es posible, es limpiar nuestro sistema de arriba a abajo, para eliminar las impurezas que puedan contener esporas de hongos antagónicos.